A környezetvédelmi szabályozások gyökeres változása alapvető szemléletváltást követelt a társaság működésének valamennyi területén. A felmerült új feladatok közül az alábbiak kapták a legnagyobb hangsúlyt:

• A feldolgozás során keletkező hulladékok mennyiségének jelentős, közel 40 %-kal történő csökkentése, ezen belül a növényolaj tartalmú anyagok minél nagyobb arányú értékes termékké való átalakítása. A legjelentősebb ilyen termékcsoportot az állati takarmányozás során használt, elsősorban a bevitt energia mennyiségét növelő kiegészítők jelentik, de említést érdemel az emberi fogyasztásra szánt lecitinek előállítása is. Az előbbi célokra nem alkalmas növényolaj tartalmú anyagokból komposzt készül, amely termékkel bizonyítottan hatékony talajerő-utánpótlás érhető el.

• A keletkező ipari szennyvizek mennyiségének és szennyezettségének a műszakilag indokolható legalacsonyabb értéken tartása, valamint annak biztosítása, hogy az átalakított szennyvíztisztító rendszer vízkibocsátása folyamatosan megfeleljen a környezetvédelmi előírásoknak. Ez a kérdés a Martfűi Növényolajgyár vonatkozásában különösen fontos, hiszen a Tisza folyó mellett elhelyezkedő gyár az élő vízből nyeri vízigényének jelentős részét, illetve oda bocsátja ki megtisztított szennyvizét is.

• Az újratermelődő energiaforrást hasznosító, napraforgóhéjat tüzelő kazánok atmoszférikus emissziójának javítása a befejezéshez közeledő, mintegy 500 millió Ft-ba kerülő beruházásoknak köszönhetően.

• A kibocsátott csomagolóanyagok széles körű szelektív összegyűjtését és újrahasznosítását előkészítő országos szintű project-ben való részvétel, a későbbiek során pedig aktív szerepvállalás az ezzel a feladattal foglalkozó szervezetben.

A társaság tudatában van annak, hogy a teljes környezeti megfelelés kizárólag műszaki-technológiai fejlesztéseken keresztül nem valósítható meg. Ennek megfelelően, a környezetvédelem irányában vállalt elkötelezettségének részeként a Bunge Zrt. 2003. szeptemberében megszerezte a Környezetközpontú Irányítási Rendszerének ISO 14001 szerinti tanúsítását.